CorGAT

Abbiamo sentito spesso parlare in questi giorni delle varianti del nuovo coronavirus SARS-CoV-2. Sono note, ad oggi, la variante inglese, californiana, brasiliana, sudafricana e tedesca. Queste varianti nascono da mutazioni incontro alle quali va il genoma di SARS-CoV-2 essendo quest’ultimo un virus con un genoma a RNA che, dunque, muta più facilmente rispetto ad altri. Comprendere i possibili effetti funzionali di tali varianti del genoma virale è di fondamentale importanza per capire anche se queste forme “diverse” del virus rendono, in qualche modo, inefficace le formulazioni vaccinali oggi disponibili. Così, per svolgere questo complesso compito, alcuni scienziati hanno pensato di sviluppare un nuovo software in grado di eseguire l’analisi genomica di SARS-CoV-2. Il suo nome è CorGAT e adesso vediamo insieme come funziona.

A presentare il nuovo software CorGAT è uno studio pubblicato sulla rivista Bioinformatics da un team di ricercatori del Cnr di Bari in collaborazione con colleghi dell’Università di Bari e dell’Università Statale di Milano. Si tratta di una piattaforma, accessibile senza alcun tipo di vincolo o restrizione, che consentirà di eseguire l’analisi del genoma del nuovo coronavirus al fine di comprendere gli effetti delle sue varianti.

CorGAT ci permetterà di capire meglio come funzionano le varianti di SARS-CoV-2

CorGAT (Coronavirus Genome Analysis Tool) è uno strumento dotato di un’interfaccia web che ne facilita l’utilizzo e, come già detto, è liberamente consultabile da tutta la comunità scientifica. Per eseguire l’analisi genomica di SARS-CoV-2, il software esegue un confronto delle sequenze di uno o più virus in pochi secondi. Fatto ciò esegue in maniera estremamente rapida l’annotazione funzionale del genoma del nuovo coronavirus. Si tratta di un processo in grado di identificare le principali differenze tra i genomi di diversi ceppi del virus e di predirne le possibili implicazioni funzionali. L’obiettivo degli scienziati, infatti, è quello di utilizzare CorGAT al fine di comprendere non solo gli effetti sul nostro sistema immunitario, ma anche le sue potenziali applicazioni per lo sviluppo di terapie e vaccini efficaci contro questo temibile nemico.

FONTEBioinformatics